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好文推荐丨《转化医学电子杂志》:基于CFS算法研究肾癌中的关键基因
作者: LML 来源:转化医学电子杂志 2017-07-05

 

 

【摘 要】 目的:肾细胞癌(renal cell carcinoma, RCC)是成人肾脏中最常见的一种恶性肿瘤。本研究的目的就是识别出RCC中的关键基因,并揭示其在肿瘤中的作用机理。方法:从GEO数据库下载芯片数据GSE53757,筛选它们之间的差异表达基因(differentially expressed genes, DEGs)。使用DAVID在线工具对差异表达基因进行GO功能注释和KEGG富集分析,然后使用基于特征子集相关性(correlation-based feature subset, CFS)的变量筛选方法筛选DEGs的关键基因,并根据筛选出的关键基因,使用支持向量机(support vector machines, SVM)方法建立筛选肾癌样本和正常对照样本的分类预测模型。结果:共筛选到541个差异表达基因,包括312个上调基因和229个下调基因。选择21个作为特征基因,通过SVM方法建立肾癌样本和正常对照样本之间的分类模型,其预测精度为97.2%。此外,STRING数据库筛选的Top10hub基因中也发现了4个与CFS算法筛选出的特征基因重合的Hub基因(CD40,EGFR,CAV1和TGFA)。结论:CFS是用于筛选肾癌中关键基因的有用工具。并且,CD40,EGFR,CAV1和TGFA这4个基因很可能为诊断肾癌的目标基因。

【关键词】基因表达谱;癌症分类;基因选择;肾癌;CFS算法

 

原文链接:(http://www.ejotm.com/ch/reader/view_abstract.aspx?file_no=20161219002